留学港澳的档案存放有以下几个选择：
1. 户籍所在地人才中心 ：将档案与户口一起放到当地的人才服务中心，便于回国后办理相关手续，并且可以开始计算工龄。
2. 毕业院校 ：部分学校可能提供档案保管服务，一般保留两年，之后若无接收单位，档案将打回原籍。
3. 教育部留学服务中心 ：教育部留学服务中心为海外留学生提供档案管理等服务，尤其适合户口在北京或在北京学校的学生。
选择存档方式时，应考虑个人方便性、安全性、工龄计算等因素，并提前与学校或相关部门确认具体细节。
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